Als ein Geist Kontakt zu Uhura aufnimmt und versucht mit ihr zu kommunizieren, ahnt diese noch nicht, dass seit Jahrzehnten ein dunkles Geheimnis auf dem Academy Campus gehütet wird.

Khan ist auf der Enterprise angekommen und stürzt sich mit der restlichen Crew in ein Abenteuer, das offenbart, wie das Universum wirklich entstanden ist und dass ein heimtückischer Schachzug, alles verändern kann.

Khan ist auf der Enterprise angekommen. Aber einige Dinge neben seinem neuen Job als Sicherheitsoffizier verlangen nach Aufmerksamkeit und er kann sich letzendlich nicht so gut darauf konzentrieren wie er es eigentlich vorhatte...

Das Universum ist groß. Ein Handbuch wäre praktisch.

Nyota wünscht sich nichts sehnlicher, als dass Spock endlich mal ein Weihnachtsfest mit ihr verbringt. All die Jahre hat er logische Gründe gefunden, das Fest nicht zu feiern.

Als die Crew der Bottany Bay vernichtet werden soll, um etwaigen Fehlern in der Zukunft auszuweichen, rettet Commander Counter die Krypto-Zelle des gefürchteten John Harrison.
Nach einem Jahr dient Commander Harrison auf der Enterprise, und jeder macht sich Sorgen. Ist er ein Verräter, der nur wieder versucht, die Kontrolle an sich zu reißen und die Sternenflotte zu vernichten?
Doch es ergeben sich andere Probleme: Nachdem ein Außentrupp der Enterprise, unter ihnen Commander Counter und Commander Harrison, verschwunden ist wurde die Sternenflotte infiltriert. Von wem oder was, weiß einer. Und nur Jean scheint die Wahrheit zu erkennen, doch ohne Counters Hilfe scheint es, wie ein Kampf gegen Windmühlen.

Aufgrund eines Notrufs machen sich James T. Kirk und Spock auf den Weg zu einer kollabierenden vulkanischen Raumstation. Kurz darauf bekommen sie einen weiteren Notruf; diesmal vom neuen Heimatplaneten der Vulkanier: Neo-Vulkan. Ein tödliches Virus soll dort ausgebrochen sein, der gleiche wie auf der Raumstation. Und als Spock infiziert wird, wird nicht nur Kirk klar: Es ist definitiv kein Zufall, dass es nur die Vulkanier verseucht. Nur zu dumm, dass er sich in die Gelegenheit anderer mischt...

Die Geschichte, die sich vor achtundzwanzig Jahren abgespielt hatte, wiederholt sich auf eine andere Weise erneut. Der Captain geht mit seinem Schiff unter und der erste Offizier mit ihm. Zwei Entscheidungen, die alles verändern. Und daran ist nur ein gefürchteter Nebel namens "Vashta Nerada" schuld.

McCoy wird auf Deneva geschickt, um eine sich ausbreitende Persönlichkeitsstörung zu untersuchen. Während er auf George Kirk stößt, greifen die Romulaner an, welche auf Spocks Auslieferung bestehen.

Diese kleine Szene spielt unmittelbar nach Spocks Rückkehr aus dem Vulkan von Nibiru (Star Trek Into Darkness). Spock hat mit seiner Entscheidung den Planeten gerettet, doch wie kommen seine Gefährten und vor allem Uhura mit dieser Entscheidung klar?