Die Enterprise ist im Erdorbit und einige Mitglieder nehmen sich Urlaub um ihre Familien zu besuchen. Malcolm verschwindet dabei für einige Tage spurlos. Für Archer und sein Team beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit und Sektion 31, um ihrem Freund helfen zu können. 

Nach dem Tod von Jack Crusher kann sich Jean-Luc Picard seinen Schuldgefühlen nicht stellen. Er überlässt eine trauernde Witwe und deren kleinen Sohn sich selbst. Ein neuer Mann an Beverlys Seite verspricht jene Lücke zu schließen, die in ihrem Leben durch die Abwesenheit ihres toten Mannes und dessen schuldbewussten besten Freundes entstanden ist: Richard P. Finnigan. Achtzehn Jahre später kommt es zur tödlichen Konfrontation.

Ein Jahr nach der Rückkehr der Voyager in den Alpha-Quadranten, kämpft die Föderation immer noch um ihr Selbstverständnis nach den dramatischen Ereignissen des Dominionkrieges. Eine Sicherheitskonferenz soll Antworten auf die dringendsten Fragen bezüglich des veränderten Kräfteverhältnisses liefern. Doch nicht alles läuft nach Plan. Und plötzlich verschwinden Starfleetoffiziere.

In einer Atmosphäre des Misstrauens und der Verdächtigungen beginnt für ein ungewöhnliches Ermittlerduo ein Wettlauf mit der Zeit, die verschwundenen Personen wiederzufinden, bevor die Situation eskaliert.

Nach einem mysteriösen Lichtblitz findet sich Kathryn Janeway alleine auf der Voyager wieder. Auf sich alleine gestellt muss sie nicht nur das Rätsel der verschwundenen Crew lösen, sondern hat auch genug Zeit zum Nachdenken über ihre bisherige Beziehung zu ihrem Ersten Offizier. Wie weit wird sie für die sichere Rückkehr ihrer Mannschaft gehen?

Nach der Bruchlandung der Enterprise-E auf einem Planeten, auf dem ewige Nacht herrscht, sieht sich die Crew mit einem unsichtbaren und übermächtigen Gegner konfrontiert.